少額訴訟するかの判断

ヤフーのオークションで格安航空券を購入しました。実は外資系の航空会社よりマイルを購入し規約違反にも関わらず航空券と販売していました。今回航空会社に不正が見つかり口座の凍結に伴い私の航空券も取り消し扱いになりました。分割にて返金してくれるとの事ですが 返済期間が長期になるので少額訴訟を起こし裁判所の立会のもと文書を交わしたいのですが相手との関係が拗れたらと思うと心配です。少額訴訟を起こすかの判断がつかず皆様のご意見宜しくお願いします。